在家做基因编辑的生物黑客 CRISPR Kit – intro

The ODIN出了一个实验套件,让BioHacker们在家就可以做大名鼎鼎的Crisper cas9的基因编辑实验。套件在亚马逊有卖,但无法寄到中国,所以…(一个月漫长的等待)

趁假期,我和高老师(北大生物专业人士!)把这个套件玩了一下。一句话感慨,新的车库时代真的要到了。

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整体实验流程很简单,分为三大步骤,两三天就可以完成。步骤可以通俗的表述为:培养受试者,变异受试者,检查变异者。(是不是跟很多末日美剧差不多)

实验使用的是大肠杆菌,我们要通过Kit提供的Cas9/tracrRNA/crRNA /Template DNA等把大肠杆菌转换为可以抵抗抗生素的“魔免”大肠杆菌。

我们的实验环境十分简陋,完全有菌(可以说的超不净实验室)。但最后也成功了,可见这个Kit的鲁棒性和Crisper的门槛之低。

套件本身的试剂盒耗材大概可以用来做两三次实验,所以只要不胡搞,应该可以成功的。

先放些图感受下。后面我们再介绍每个步骤的细节。

 

(希望我们的抗药大肠杆菌不会毁灭地球

male-zombie-vector-clipart

 

想购买的可以扫我的微店~

download

CNUtils

因为众所周知的原因,很多网站因为用了font.googleapis.com而变的打开很慢很慢很慢。其实也就是那么一个文件打开慢而已。360出了个CDN造福了一大堆程序员。

于是我想,如果能做个小js库,让这些网站通过它来选择性加载不同源的数据该多好~于是就做了个cnutils

代码很简单,一个demo而已,里面用到了ip-api.com的api来判断ip国籍。欢迎友人有兴趣能做下去哈。

var xmlHttp = new XMLHttpRequest();
xmlHttp.open("GET", 'http://ip-api.com/json', false);
xmlHttp.send(null);
var result = JSON.parse(xmlHttp.responseText)
var fontSrc = (('China' === result.country) ?
        'http://fonts.useso.com' :
        'https://fonts.googleapis.com') +
    '/css?family=Open+Sans:300italic,400italic,600italic,400,300,600|Merriweather:700'
var linkElement = document.createElement('link');
linkElement.rel = 'stylesheet';
linkElement.href = fontSrc;
console.log(fontSrc)
document.head.appendChild(linkElement);

(30 hackdays day 28) Repose – 给API穿上衣服

图片描述

最近需要把一些功能拆分为HTTP API,于是找到了它。Repose是一款开源的API中间件,它可以帮你轻松实现那些API设计里最基本的功能,诸如认证,限速,验证,Logging等。Repose是Rackspace旗下的产品,所以靠谱程度很高。

当你写了个一个页面Parser,一个“1秒钟算1BIL次蛋疼指数”的程序,一个通过一个mail判断一个人是不是靠谱的“占卜服务”之后。若果你想让更多的人能享受到你的智慧,最简单的想法就是把代码开源出去。但很多人是不愿意这样做的,于是就会想到把它作成网络服务,收费提供出去。也就变成了前面二十多篇文章介绍的各种API服务。

API hosting as a Service

经过这多年的积累,Web API服务已经逐渐形成了一套相对标准的做法,从各种开放平台的做法就能看出来。

  • 注册平台账号
  • 创建App,获得AppKey(也许需要付费)
  • 将SDK嵌入自己应用
  • 用AppKey初始化SDK
  • 开始调用各种API(也许需要付费,也许会限速)

工程师用多了这类产品以后,遇到新的服务往往就会轻车熟路的不用看任何Tutorial。直到有一天,工程师决定自己也要搞一套这样的服务,问题就出现了。这几个环节具体都要如何实现呢?

于是就在API as a Service(其实就是只提供API的Software as a Service)之外,出现了个API hosting as a Service的概念(是不是觉得XaaS特别Ass…)。也就是我帮你托管你的API,帮你做掉前面那些步骤的事儿,您安心开发您的核心算法,提高效率,降低错误率就好啦。其实,对于Amazon这样的老早就看到解耦合,把业务都拆分成细小服务的公司来说,这个概念已经太古老了。

同样提供这类服务的也有不少,比如界面做的太漂亮的Apiary.io,搭建API全生态链的Mulesoft。但因为我是想搭建在自己的服务器上的,所以暂时不考虑那些托管的平台。

Repose

感慨于Docker神速的发展,Respose最简单的部署方法就是部署一个Docker container。隐隐就已经看到了一个Repose as a Service的产品了…

Repose的工作原理很简单,就是在你的裸API和用户之间做一个代理。

图片描述

文档中描述的Repose的基本功能如下。

  • Translating。API格式转换。
  • Rate。限速。
  • Authenticating。
  • Validating。保证API符合Web Application Description标准。
  • Logging。
  • Blacklisting。credentials and roles
  • Caching。
  • Role-based access control (RBAC)。基于角色访问控制。
  • Mapping the state of your API。好吧,没懂,估计是类似NAT那样的玩意儿吧。

有好几种部署方法,嵌入源码,WAR,独立Proxy server,独立Proxy server cluster。我们肯定不能假设服务器是java的,所以肯定选择独立Proxy server这种模式。

配置里最重要的就是Destination endpoint,一个典型的如下,很清晰的描述一个即将被封装的API endpoint。(又看到了xml配置文件,让一个former javaer还是感慨良多)

由于还没有图形界面配置的功能呢,所以强烈建议从Repose+101入手。装个Virtualbox,里面装docker。

// TODO 过两天把装了Repose的VM传上去

Repose里除了刚才提到的Endpoint以外还有两个重要概念,filter和service。filter就是一个request一路经过的劫难。service就是诸如分布式数据库之类的东西。

Mock Server & Config

nodejs写一个简单的mock server来假装一个牛逼服务。node app.js跑起来。

var express = require('express');
var app = module.exports = express();

app.get('/api/nbservice', function(req, res){
 res.send('cool to die');
});

app.listen(8080);

写一个简单的Repose配置

刚才说到建议装docker,其实吧,最简单的还是直接跑jar~从maven上当他们最新的jar。运行java -jar valve-2.3.5.jar start -p 8888 -c /etc/repose/执行起来。

然后呢,curl 127.0.0.1:8888/api/nbservice就能看到它跑通啦~

Freelancer

在搜索这个主题内容的时候,遇到了这个老牌Freelancer网站的一个服务,居然叫RESTful hire。其实就是在技能里要有RESTful这一项而已。难道,RESTful已经变成了一种“世界观”了么…

Foc.us 玩耍 2

开始了第一次认真尝试。

1mA,5min,Noise

我发现选择Noise模式也许是个错误,因为开始就各种混乱的电流上来,有突然很高的(最大值还是1mA),导致有几秒钟虽然闭着眼但一片光明景象。

头半分钟还可以,就是感觉世界略亮。但半分钟到第二分钟的过程中就开始有点疯狂了:Noise导致闪烁不规律,电流刺痛感比较强,45秒左右开始出现头昏,仿佛进入一种亮亮的,未知的世界。两分钟时开始明显有手脚出汗感觉。伴随着头昏程度加大,有点吃不消。Foc.us本身也会震动,一下下的让我有点分不清是我在晕眩还是Foc.us震动。最后在大概在3分钟半左右的时候我放弃了。

最后的结果用的是Fit Brains的Matching Pairs来测试的,用完Foc.us后的结果反而比之前差。但主要是卡在一张图片上了,所以我觉得这个可参考性并不强。

有人能推荐一些比较客观的测试方法吗?

IMG_0013

Almost Criminal – tDCS Still an Unknown Depression Treatment

看到评论吓傻了…

SpeakWisdom

Introduction

This blog post deals with a very important topic: treating depression with tDCS. If you know anything at all about transcranial direct current stimulation (tDCS), you surely know that it has been shown in studies and anecdotal reports to have very positive effect on many depression patients – ranging from those with dysthymia to persons with severe, debilitating, drug resistant  depression.  It does not work for everyone, but what treatment does?

The beauty of tDCS is that it is incredibly simple, has a spotless safety record, has no significant side-effects, and with a little training can be used by a depression sufferer at home or wherever convenient.

Lets review some sobering facts: depression is a worldwide epidemic.  In the US alone, over 14 MILLION people suffer with some form of a major depressive disorder. About 1 in 10 adults now use some form of an antidepressant. Further…

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还算是个坚强的小人物

无意间翻到我在应用汇最后发的一条微博

90ab6d9ejw1e0kg82zchvj

“大时代中,做一个坚强的小人物,向南方致敬!”

当时似乎是临时上线了一个promote app的功能。虽然这网页没什么人用,但当时还是很兴奋的能有个地方做一点自己想做的事情的。感谢当时的小伙伴。

南方周末的事儿已经忘得差不多了,但至少现在看起来,我还算是个坚强的小人物:)

Hack as a Service(为hacker准备的云服务)

Hack需要很多计算资源,存储资源,又要考虑匿名性。
如果有个一平台,只接受比特币这样的支付方式,然后提供加密的数据存取(类似AVOS,Parse这样的Baas),又提供一些特殊功能(比如DES解密,MD5解密,Wifi密码破解等)。这样Hacker就可以更容易setup一次hack。
比如附件中,我们用如AVOS作为wifi内MIM攻击注入keylogger的js脚本的后台。

discuss @ Daydream https://trello.com/c/6djL4mDV

 

2014-05-10 23.36.01

在WordPress.com的博客.

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